Pour vous parler du microbiote j’ai choisi de vous le présenter comme je me le suis souvent représenté.
Essayez d’imaginer un continent entier, plutôt de forme allongée, entièrement recouvert d’une épaisse végétation abritant un entier écosystème fait de plantes et d’animaux. Vue du ciel, la forêt qui recouvre la terre semble homogène mais, si on fait un zoom, on se rend compte que les plantes qui la composent sont très variées en tailles, en formes et en couleurs.
De la même manière, les animaux qui la peuplent appartiennent à différentes espèces, des insectes jusqu’aux mammifères, qui vivent, se nourrissent, interagissent et se déplacent différemment. Le continent étant de forme allongée, le climat y est variable selon la zone observée ce qui a une incidence directe sur la composition de l’écosystème (plantes et animaux).
De la même manière, la qualité de la terre, substrat nutritif de base pour l’entier écosystème, va influer de façon importante sur la croissance des différentes espèces végétales et, par conséquent, animales.  Comme dans tout écosystème, les espèces vivantes en présence sont interdépendantes. Par exemple, les animaux se nourrissent des fruits des arbres mais assurent aussi la dissémination des graines grâces à leurs déjections. Ou encore les insectes qui ont besoin du nectar des fleurs mais en butinant assurent un rôle fondamental dans la pollinisation. Enfin, on observe que l’équilibre qui existe est le fruit de subtiles et complexes mécanismes de régulations des populations, en particulier dans leur croissance et proportion au sein des différentes chaines alimentaires.
Bien entendu, ce continent (la terre, les plantes, les animaux et même les différents climats qui y règnent) peut être partiellement ou totalement chamboulé par des facteurs externes comme l’arrivée de nouvelles populations, une pollution de l’air ou de l’eau, un changement climatique, un tremblement de terre, une éruption volcanique… Selon l’importance de l’évènement “perturbateur” le continent sera alors modifié pour une période brève, les ressources d’adaptation et compensation d’un écosystème compétent étant grandes et pouvant supporter des contraintes fortes pour un retour à la norme rapide ou bien pour une durée plus longue, voire même pour toujours.
Dans ces circonstances, des actions de “secours” pourront être utiles et sont parfois même indispensables pour aider le continent et son écosystème à restaurer leur équilibre perdu. Ces interventions, pour être menées doivent toutefois remplir les conditions suivantes: effectuer l’intervention au bon endroit (là où elle est utile), conduire l’intervention de manière à mimer le plus possible les systèmes naturellement existants, ne pas intervenir au détriment des composantes les plus faibles et fragiles de l’écosystème, dans le cas où l’intervention est au profit d’une seule et unique composante de l’écosystème s’assurer que des effets secondaires futurs ne sont pas à prévoir, en essayant de penser à long terme.

Voilà, nous venons donc de décrire le microbiote (l’écosystème) dans son ensemble :

• le continent c’est l’intestin (le colon pour être précise)
• la terre sur laquelle tout pousse c’est la muqueuse intestinale
• le climat correspond au pH mais aussi au péristaltisme et aux autres paramètres environnementaux que l’on peut trouver dans les intestins
• les différentes espèces de plantes et animaux sont les divers colonies fongiques, bactériennes et même virales qui composent la flore intestinale
• l’équilibre entre toutes les espèces est ce que l’on nomme eubiose
• des évènements “perturbateurs”, malheureusement, il en existe une infinité, de la “simple” consommation de compléments alimentaires jusqu’à la chimiothérapie, de l’intoxication alimentaire jusqu’à la chirurgie digestive en passant par toutes les maladies métaboliques et infectieuses
• la perte d’équilibre, le “chamboulement” de l’écosystème c’est la dysbiose* et ses conséquences
• les interventions de “secours” sont les différents outils à notre disposition pour tenter de combattre la dysbiose et restaurer l’eubiose

* Ici on comprend qu’il vaut mieux parler de dysbioses au pluriel car il en existe autant que d’évènements perturbateurs.