Dans certains ARTICLES précédents, nous avons déjà abordé le sujet de l’ECBU, son intérêt et son importance en particulier celle de l’antibiogramme, deux des pierres angulaires du processus de diagnostic et prise en charge médicale des infections urinaires. Aujourd’hui, nous verrons en détail comment ces tests peuvent contribuer au choix du traitement le plus adapté.
Bien entendu, et comme toujours dans ce blog, cet article ne se veut pas une substitution de l’avis médical mais simplement un document informatif.
L’ECBU permet, entre autre, l’identification et l’isolement des microorganismes contenus dans l’urine. Lorsque la bactériologie est positive (présence bactérienne supérieure au seuil de significativité + identification d’une souche uropathogène dominante), un antibiogramme est réalisé pour étudier le profil de résistance / sensibilité au traitement antibiotique de la souche bactérienne isolée. Les résultats de cette analyse approfondie sont donc fondamentaux pour le choix de la thérapie la plus adéquate. Les questions qui peuvent se poser à ce stade sont : « Pourquoi est-il nécessaire de réaliser l’antibiogramme ? Ne connaissons-nous pas déjà les antibiotiques les plus efficaces contre une souche bactérienne spécifique ? ».
La réponse se trouve dans la grande variabilité qui caractérise le patrimoine génétique des espèces bactériennes et qui développe la résistance aux antibiotiques, ce qui nécessite une surveillance continue de leurs réponses aux traitements.
Cherchons alors à comprendre de manière plus détaillé comment est réalisé l’antibiogramme et comment lire ses résultats.
Les méthodes utilisées pour réaliser un antibiogramme
Il en existe deux:
1. Méthode de diffusion sur gélose : implique la croissance de la souche bactérienne isolée sur une plaque de culture in vitro sur laquelle sont appliqués de petits disques en papier imprégnés d’antibiotique. Autour des disques se formera une zone circulaire dans laquelle la croissance des bactéries est inhibée : plus le rayon de cette zone est grand plus la bactérie résulte sensible à l’antibiotique (en observant l’image ci-dessous, nous pouvons voir comment l’antibiotique A est nettement moins efficace que l’antibiotique B).
2. Méthode par dilution : la souche bactérienne est cultivée dans des éprouvettes contenant le milieu de culture dans lequel sont diluées des concentrations décroissantes de l’antibiotique. Après 24 heures d’incubation, le tube à essai moins trouble contenant la plus faible concentration d’antibiotique est identifié.
Quelle que soit la méthode utilisée, le but du test est d’identifier la Concentration Minimale Inhibitrice (CMI), c’est-à-dire la plus faible dose d’antibiotique qui permettra d’inhiber la croissance bactérienne.
Mais la CMI ne suffit pas !
Cependant, la simple détermination in vitro de la CMI peut ne pas être suffisante, car elle ne permet pas de comparer l’efficacité clinique (réelle dans le vivant) des différents antibiotiques. La simple comparaison des CMI pourrait être en effet superficielle parce que elle ne tient pas compte des profils pharmacocinétiques des différents principes actifs (c’est-à-dire comment le médicament change d’efficacité une fois absorbé par l’organisme). Pour permettre cette comparaison, il faut introduire un autre concept : le “breakpoint” clinique.
Les “breakpoint” cliniques représentent les seuils tirés des études microbiologiques, pharmacologiques et cliniques qui servent comme point de repère pour établir la classe de sensibilité d’un micro-organisme à un traitement donné. Ces valeurs sont indiquées (et constamment mises à jour) par le “Comité Européen des Tests de Sensibilité aux Antimicrobiens (EUCAST)” et jouent un rôle très important dans le choix du traitement par le spécialiste.
Il existe trois classes de sensibilité dans lesquelles un micro-organisme peut tomber :
1) Sensible à la dose standard (S), l’infection sera probablement résolue avec un traitement médical à la dose standard.
2) Sensibilité intermédiaire (I), il est peu probable que le microorganisme réponde au traitement à la dose standard mais des doses plus élevées peuvent rejoindre l’effet attendu (cette augmentation de dose doit être réalisable in vivo et ne doit pas entraîner de toxicité pour le patient).
3) Résistant (R), le traitement a une forte probabilité d’échec.
Généralement pour chaque médicament, il existe deux seuils cliniques, le premier indique le seuil en dessous duquel le microorganisme est considéré comme sensible (S) (seuil de sensibilité) tandis que le second représente la valeur de référence au-dessus de laquelle le microorganisme est considéré comme résistant (R) (breakpoint de résistance)
Exemple pratique
Le tableau actuel des breakpoint d’EUCAST indique respectivement 0,5 mg / L et 1 mg / L comme valeurs de référence pour la sensibilité ou la résistance à la lévofloxacine. Cela signifie que si la CMI obtenue pour une bactérie donnée est ≤ 0,5 mg / L alors la bactérie sera considérée comme sensible (S), si au contraire elle est> 1 mg / L alors elle sera considérée comme résistante (R). Enfin, si le MIC se situe dans la fourchette entre les deux breakpoint, il y aura une sensibilité intermédiaire (I).
Nous avons dit que les breakpoint sont fondamentaux pour déterminer quel traitement devrait être le plus efficace sur le plan clinique et servir à éviter de faire des erreurs d’évaluation.
Prenons par exemple deux antibiotiques A et B:
Antibiotique A : sensibilité fixé à 1 mg / L = > CMI égale à 0,5 mg / L
Antibiotique B : sensibilité fixé à 10 mg / L => CMI égale à 1 mg / L
Si nous ne considérions pas les breakpoint notre première attitude serait surement celle de penser que l’antibiotique A soit plus efficace que le B parce que caractérisé par un CMI plus faible, mais en réalité il faut prendre en considération l’écart qu’il y a entre la CMI et le breakpoint clinique qui pourrait être représenté par un rapport CMI/ breakpoint : plus petit est le rapport plus la sensibilité est élevée.
Nous avons donc :
Antibiotique A : CMI (0,5 mg/L) / breakpoint (1 mg/L) = 1/2
Antibiotique B : CMI (1 mg/L) / breakpoint (10 mg/L) = 1/5
Il est donc évident que l’antibiotique B, bien qu’il ait une CMI plus élevée, montre une probabilité plus élevée de succès dans l’éradication de l’infection.